«Ионосфера-М» № 1 и № 2 — часть проекта «Ионозонд», который решает задачи мониторинга околоземного космического пространства, исследований ионосферной плазмы и волновых процессов в ней.
Кроме зондирования ионосферы, приборы на спутниках будут изучать космическую радиацию и электромагнитные поля.
Одновременно с наблюдениями «Ионосфер-М» планируются и измерения плотности плазмы методом резонансного зондирования на кубсате «СамСат-Ионосфера». Аппарат запустят вместе с «Ионосферами-М» в качестве попутной нагрузки, всего состоящей из 53 малых спутников.